Cikal bakal Universitas Ahmad Dahlan bermula dari kursus BI Muhammadiyah di Yogyakarta yang didirikan tahun 1957, yang waktu itu memiliki Jurusan Ilmu Mendidik, Civic Hukum, dan Ekonomi. Kursus ini selanjutnya berganti menjadi FKIP Muhamadiyah. Pada tanggal 18 November 1960, FKIP Muhammadiyah Cabang Jakarta di Yogyakarta berdiri sebagai Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Muhammadiyah Yogyakarta dan berstatus lembaga Pendidikan Tinggi.
Pada tanggal 19 Desember 1994 dengan Surat Keputusan (SK) Mentri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor: 102 /D0/1994 diterapkan bahwa IKIP Muhamadiyah Yogyakarta beralih fungsi menjadi Universitas Ahmad Dahlan.